Η μέθοδος διάγνωσης της ενεργούς λοίμωξης από το στέλεχος κορονοϊού SARS COV 2 βάσει του ECDC (ευρωπαϊκό κέντρο λοιμώξεων) είναι η μοριακή ανίχνευση νουκλεϊκού οξέος (κύτταρα του ιού) από ρινοφαρυγγικό δείγμα ενώ δεν έχει αναγνωριστεί η ορολογική (εξέταση αίματος).
Κατάλληλο δείγμα αποτελεί το ρινοφαρυγγικό και το στοματοφαρυγγικό του οποίου η λήψη πρέπει να γίνεται με ειδικό εύκαμπτο στυλεό αλλά και σωστό χειρισμό προκειμένου να παρθεί πλούσιο σε κύτταρα δείγμα. Έχουν πολλές φορές αναφερθεί τεστ του ιού με ψευδώς αρνητικά αποτελέσματα, αυτό έγκειται σε λήψη πτωχού δείγματος λόγω κακού χειρισμού ή και χρήση ακατάλληλου εξοπλισμού. Αξίζει βεβαίως να σημειωθεί ότι σημαντική είναι η φάση ενεργότητας του ιού, αν βρίσκεται σε αποδρομή ή σε αρχικά στάδια το ιοικό φορτίο μπορεί να είναι αρκετά χαμηλό και να μας δώσει ένα ψευδώς αρνητικό αποτέλεσμα ή ένα αμφίβολο (οριακό). Σε αυτή την περίπτωση ο εργαστηριακός ιατρός θα πρέπει να ζητήσει ένα επαναληπτικό δείγμα προκειμένου να δοθεί η σωστή διάγνωση και να παρθούν τα κατάλληλα μέτρα
